Bối cảnh

Tựa game theo chân một nhân viên của Lực lượng đặc nhiệm Hoa Kỳ bị mắc kẹt trên một quần đảo bí ẩn mang tên Jack Carver. Anh phải tìm kiếm một nữ phóng viên mà anh đã hộ tống đến đây, sau khi thuyền của họ bị phá hủy. Tựa game có bao gồm cả những việc như sáng chế vũ khí sinh học và thay đổi cấu trúc gen của cư dân đảo, với ví dụ rõ nhất là những sinh vật dị dạng trên đảo được tạo nên bởi tên tiến sĩ điên mang tên Krieger.

Địa hình trong Far Cry phân bố với nhiều thể loại. Lấy bối cảnh ở một quần đảo ở Thái Bình Dương, quang cảnh trong game bao gồm những bãi biển, rừng mưa, những hẻm núi cao, hầm mỏ, đầm lầy, và thậm chí là cả núi lửa. Nhiều chi tiết của game từ những căn chòi trên biển đơn giản đến những trại quân đội, đền chùa dưới lòng đất hay những phòng nghiên cứu hiện đại được xây dựng một cách phức tạp. Một vài trong số những mê cung này được dựa trên pháo đài của quân Nhật từ Thế chiến thứ hai.

Kịch bản

Jack Carver đã bỏ lại quá khứ đen tối lẫn bí ẩn của anh và rời bỏ xã hội để điều hành một cơ sở cho thuê thuyền nhỏ ở Nam Thái Bình Dương. Anh được một người phụ nữ tên Val Cortez thuê để đưa cô ấy đến một hòn đảo kì bí ở Micronesia một cách bí mật. Sau khi Val dùng một chiếc canô để tự đi, thuyền của Jack bị thổi bay bằng một quả tên lửa. Với sự giúp đỡ từ một người đàn ông tên Doyle, Jack đi qua nhiều hòn đảo, chiến đấu với bọn lính đánh thuê mong tìm ra người nữ phóng viên. Qua cuộc chạm trán với Trigen (Những con quái vạt bị biến đổi gen) và từ thông tin từ Doyle, Jack sớm khám phá ra rằng hòn đảo là một phần của một thí nghiệm khoa học về biến đổi gen, tài trợ bởi tập đoàn sinh học Krieger và được dẫn đầu bởi tiến sĩ Krieger, giám đốc điều hành của tập đoàn Krieger.

Tiếp tục tiến sâu vào game, sự thật càng được hé lộ rằng những con Trigen đã bị xổng ra, đang dần trở thành một vấn đề quá lớn đối với bọn lính đánh thuê, và rằng những thí nghiệm kia không chỉ dừng lại ở việc thí nghiệm trên linh trưởng, mà còn chính trên những tên lính. Khi Jack đuổi kịp Val, cô ấy đang bị bắt đi đến một vùng khác trên một chiếc trực thăng, và may mắn thay, tiến trình đã bị anh chặn lại. Sau khi bơi vào bờ, Val tiết lộ rằng cô là một đặc vụ CIA đang trên đường điều tra về thí nghiệm của tiến sĩ Krieger.

Sau khi được giải thích thêm, Jack lại phải giải cứu Val trong khi những con Trigen trốn thoát và bắt đầu chống lại những tên lính đánh thuê trên đảo. Sau khi giải cứu Val, họ lại chia ra và rồi gặp lại khi Jack giết người đứng đầu bọn lính - Crowe. Thông tin mà Crowe nắm giữ chỉ ra rằng Krieger đã chế tạo một quả tên lửa hạt nhân trên đảo, và hắn ta định dùng nó như phương án cuối cùng để che giấu hành tung của mình khỏi bị điều tra.

Sau khi Trụ sở quốc phòng (Department of Defense) phân tích tình huống, Jack và Val ăn trộm thứ vũ khí hạt nhân kia, bất chấp sự phản đối của Jack. Trước khi vào nhà máy, Doyle cảnh báo rằng những dị biến sẽ ảnh hưởng đến họ khi vụ nổ xảy ra, và khuyên họ dùng huyết thanh kháng sinh trước kì kích hoạt đầu đạn. Khi đã ở trong nhà máy, họ làm theo và kích hoạt nó, thế nhưng cái đầu đạn nổ ngay khi họ rời khỏi cửa, khiến Jack và Val bất tỉnh.

Trong khi họ vẫn bất tỉnh, Krieger bắt họ trước khi hắn trở về căn cứ của mình. Jack, bị ném khỏi máy bay trực thăng, phải băng qua vùng bị nhiễm phóng xạ của Trigen và giải cứu Val, thoát khỏi hòn đảo với cái hồn chưa lìa khỏi xác. Khi gần tiến tới khu vũ khí của bọn lính đánh thuê, Jack nhận thấy rằng Tay mình đang dần chuyển thành màu xanh. Doyle trả lời rằng nồng độ nhiễm phóng xạ trong không khí có thể quá mạnh so với liều kháng sinh, thế nhưng Kreiger đang phát triển một cách chữa trị ở một phòng thí nghiệm gần đó. Jack được chỉ dẫn để tìm tay bác học, người đã tự tiêm nhiễm kháng thể đột biến vào người mình thế nhưng lại bị Jack đánh bại ngay sau đó.

Trước khi trút hơi thở cuối cùng Kreiger tiết lộ rằng không có huyết thanh kháng thể nào cho quá trình đột biến cả. Doyle nói rằng liều thuốc họ dùng trước đó có chứa cả những ki khuẩn đột biến, và rằng hắn ta sẽ bán công thức biến đổi này ra chợ đen trước khi chạy trốn. Sau khi chiến đấu qua một đoàn Trigen, Jack đuổi kịp Doyle và giết hắn. Jack sau đó trốn thoát trước khi ngọn núi lửa phun trào ở đại bản doanh của Kreiger. Anh và Val được chữa khỏi và cùng nhau trốn thoát trên một con thuyền